La Defensoría del Pueblo de Santa Fe tiene una estructura de funcionamiento moderna, acorde con los nuevos tiempos y en sintonía con su objetivo central: proteger los derechos e intereses de los individuos y de la comunidad frente a los actos, hechos y omisiones de la Administración Pública Provincial y sus agentes.
La misma contiene cuatro áreas temáticas generales que engloban todas las direcciones y subdirecciones de la institución, permitiendo el desarrollo diario de las actividades: Comunicación y Cultura; Relaciones con los Ciudadanos; Derechos, Territorios y Ambientes; y Gestión y Modernización.
Los ejes aportan claridad organizacional, mejoran la capacidad de adaptación de la organización a cambios y exigencias del entorno, promueven la coordinación y fomentan el trabajo en equipo para la consecución de sus fines.